北京天通苑中医医院拥有内科、外科、妇科、儿科、眼科、耳鼻喉、针灸科、推拿科、皮肤科、口腔科、治未病科老年病科、中西医科、全科医学科等一级临床科室;同时下设心血管科、神经内科、内分泌科、呼吸科、肾病科等重点二级临床专科,承担了中医心脏病急救继续教育项目、及国家级新药“注射用重组人尿激酶原(普佑克)”的四期临床实验项目;另有内科病房、外科综合病房、针灸病房三个病区,血透病区,共有床位100余张,病房设有普通间和单间之分,以满足不同患者的住院治疗需求。